水系统的清洗消毒周期应根据产品剂型、原水微生物污染程度、水系统设计、清洗消毒（灭菌）方法等因素综合进行考虑，佳的清洗消毒（灭菌）频率应根据每个系统的实际情况并经过验证后而定。
    一般认为，水系统在接触各种微生物3~5 天之后就会形成生物膜，因此，在生物活动旺盛期（夏季），消毒频次应以每3~5 天(多不超过7天)一次为宜，在生物活动非旺盛期（冬季），大约每7 天(多不超过15天) 一次为宜。注射用水系统的消毒（灭菌）频次还应适当增加
对因吸附有机物而特别容易滋生微生物的活性炭柱，可适当增加清洗消毒频次；对始终有足够浓度余氯通过的多介质柱，清洗消毒的时间间隔可适当延长
连续生产的水系统清洗消毒的时间间隔可适当延长，而对间隙生产的水系统，好在每次开工前都进行清洗、消毒（灭菌）。