含氯消毒剂能使许多致病微生物快速失活，常用于自来水厂的饮用水消毒，在出厂时余氯≥0.3mg/L。在预处理流程中维持水中余氯浓度0.5-1.0ppm 就可预防热交换器和介质滤器上的微生物污染，所以直接使用生活饮用水制备制药用水时，一般不需要再进行在线消毒。
    但是针对使用地表水，或者处在管网末梢水余氯指标只有≥0.05mg/L的用户，通常需要考虑在预处理工序采用氯消毒或其他消毒措施，以防止微生物的污染，其他消毒措施包括臭氧和紫外辐照灭菌，在制药用水系统的清洗消毒一章中讨论。 常用的含氯消毒剂有氯气、次氯酸钠或次氯酸钙。在水中它们迅速水解成次氯酸。
Cl2、NaClO、Ca(ClO)2、HClO 和ClO–的总和称为残留余氯(FRC)；氯与水中氨类物质反应将形成氯***，这类氯***化合物被称为结合余氯(CRC)。有杀菌活性的主要是残留余氯。
    含氯消毒剂的杀菌效率取决于余氯的浓度和接触时间。 一般在取水口加入含氯消毒剂，残留余氯浓度0.5~1.0ppm ，维持20~30 分钟。
    氯的加药量还取决于进水中有机物的含量，因为有机物也会消耗氯。
    臭氧、含氯消毒剂以及其他氧化剂对离子交换树脂和聚酰***类复合反渗透膜膜均有损害作用。为了预防膜本身的降解在进入膜元件或离子交换树脂之前(注入点一般设置在保护安滤器的出口处)，须经过C底地脱氯处理。
    某些特种膜元件具有一定的抗氯能力，可以在一定时间内对抗氯的攻击，但长期高浓度接触，也会出现膜的降解。
    余氯可以通过活性炭或化学还原剂将其还原成无害的氯离子。
    焦亚硫酸钠(SMBS)、亚硫酸氢钠(SBS)是常用的去除余氯的化学品，每脱除1.0mg 的余氯约需要加入3mg 的SMBS或5mg的SBS。
    亚硫酸氢钠具有抑制微生物生长的作用，也可同时作为反渗透膜的在线消毒。