在正常操作过程中，反渗透元件内的膜片会受到无机盐垢、微生物、胶体颗粒和不溶性的有机物质的污染。操作过程中这些污染物沉积在膜表面，导致标准化的产水流量和系统脱盐率分别下降或同时恶化。当下列情况出现时，需要清洗膜元件：
标准化产水量降低10%以上
进水和浓水之间的标准化压差上升了15%
标准化透盐率增加5%以上
以上的标准(基准)比较条件取自系统经过初48小时运行时的操作性能。
日常操作时须测量和记录每一段压力容器间的压差(ΔP)，随着元件内进水通道被堵塞，ΔP将增加。需要注意的是，如果进水温度降低，元件产水量也会下降，这是正常现象并非膜的污染所致。预处理、压力控制失常或回收率的增加将会导致产水量的下降或透盐量的增加。