使用反渗透时，若装置产水量下降10％，若盐透过量增加一倍，或压差降增加一倍时，则说明反渗透膜需要清洗(但要注意，温度下降寸也会导致产水量下降，这是正常的现象，除了周期性的清洗外，在每次启动时，好先低压运行几分钟，以除去反渗透器中的浓水，并将其排掉，不要进入下一J单元。

1，物理清洗方法

简单的物理清洗方法是采用低压高流速成的膜透过水冲洗30分钟，这可使膜的透水性能得到一定程度的恢复，但时间长了，透水率仍然下降，也可用水和空气混合流体在低压下冲洗膜表面15分钟，用这种方法清洗初期受有机物污染的膜是有效的。

2、化学清洗方法

①柠檬酸溶液，在高压或低压下，用1％-2％的柠檬酸水溶液对膜进行连续或循环冲洗，这种方法对Fe(OH)3污染有很好的清洗效果。
②柠檬酸铵溶液，柠檬酸的溶液中加入氨水或配成不同PH值的溶液，也可在柠檬酸铵的溶液中加HCL，调节PH值至2-2.5，
例如在190L去离子水中，溶解277g柠檬酸***，用HCL调节溶液PH值为2.5，用这种溶液在膜系统内循环清洗6小时，效果很好，若将该溶液加温到35-40℃，清洗效果更好，该溶液对无机物的污染清洗效果均很好，但清洗时间较长。
③加酶洗涤剂，用加酶洗涤剂处理膜，对有机物污染，特别是对蛋白质，油类等有机物污染特别有效，若在50℃-60℃下清洗效果更好，一般的在运行10天或半个月后用1％的加酶洗涤剂在低压下对膜进行一次清洗， 由于所用加酶洗涤剂浓度较低，所以要求浸渍时间长一些。
④浓盐水，对肢体污染严惩的膜采用浓盐水清洗是有效的，这是由于高浓度盐水能减弱胶体间的相互作用，促进胶体凝聚形成胶团。
⑤水溶性乳化液，用于清洗被油和氧化铁污染的膜十分有效，一般清洗30-60分钟。
⑥双氧水溶液，例如将0.5L,30％的H2O2用12L去离子水稀释，然后清洗膜表面，这种方法对有机物污染特别有效。
⑦次氯酸钠和甲醛溶液，对于细菌的污染，要视不同的膜采取不同的处理措施，对芳香聚酰***膜可用1％(重量)的甲醛溶液清洗，同时要经常分析反渗透浓水中保持0.2—0.5mg／l的余氯，以防止细菌繁殖。
⑧草酸和EDTA溶液， 对于膜上的金属氧化物沉淀，用草酸和EDTA溶液清洗为好。